Mỗi ngôi đền đều được xây dựng để dành riêng cho một Thần. Sau đây là những Nam Thần và Nữ thần (女神 megami) chính trong truyền thuyết:

• Ame-no-Minakanushi (アメノミナカヌシ Cổ sự ký ghi là 天御中主 Thiên Ngự Trung Chủ hay 天之御中主神 Thiên Chi Ngự Trung Chủ Thần, Nhật Bản thư kỷ ghi là 天之御中主命 Thiên Chi Ngự Trung Chủ Mệnh (Ame-no-Minakanushi-no-Mikoto) là vị thần đầu tiên, là khởi nguồn của vũ trụ, một trong ba Tạo hoá tam thần (造化三神/Zōka Sanshin, ba vị thần tạo hoá ra vạn vật). Ông là vị thần đầu tiên được sinh ra ở Cao Thiên Nguyên, các huyền thoại miêu tả ông là 独神 Độc thần (vị thần cô độc). Vị thần nguyên thuỷ này không mấy khi được nhắc đến và chỉ có một vài đoạn ghi chép rời rạc ở các thư tịch cổ. Thời cổ đại, ông không được thờ ở thần xã nào cả, ông bị coi là một vị thần trừu tượng được hình thành dưới sự ảnh hưởng của tư tưởng Trung Hoa. Đến thời trung cổ, khi Nhật Bản thư kỷ được đánh giá cao hơn Cổ sự ký, Ame-no-Minakanushi dần được biết đến rộng rãi và người ta bắt đầu đề cao ý nghĩa của vị thần này hơn. Thời Minh Trị, khi phong trào Thần Phật phân ly (神仏分離/Shinbutsu bunri) nổ ra, Diệu Kiến Bồ Tát trong Phật giáo tại nhiều đền chùa Nhật Bản bị đổi tên thành Ame-no-Minakanushi.[1]
• Izanagi (イザナギ Cổ sự ký ghi là 伊弉諾 Y Trang Nặc, Nhật Bản thư kỷ ghi là 伊邪那岐 Y Tà Na Kỳ, ngoài ra còn được viết là 伊弉諾尊 Y Trang Nặc Tôn) là một trong những vị nam thần đầu tiên, chồng của Izanami. Ông cùng vợ đã tạo ra nước Nhật. Ông từ trên cầu Ame-no-ukihashi dùng ngọn giáo thần Ame-no-nuboko nhúng vào đại dương và khuấy. Khi ngọn giáo được rút lên nước biển nhỏ xuống tạo thành một hòn đảo. Izanagi và Izanami xây dựng một lâu đài và sinh ra 8 hòn đảo mới, gộp thành phần lớn nước Nhật ngày nay. Izanagi là cha của Amaterasu, Tsukuyomi và Susanoo.
• Izanami (イザナミ còn được viết là: 伊弉冉 Y Trang Nhiễm, 伊邪那美 Y Tà Na Mỹ, 伊弉弥 Y Trang My) là vị nữ thần đầu tiên, vợ của Izanagi. Khi Izanami sinh ra thần lửa Kagutsuchi (火之迦具土神 Hinokagatsuchi, Hỏa Chi Già Cụ Thổ Thần trong Cổ sự kí; còn gọi là Kagutsuchi trong Nhật Bản thư kỷ), lửa bốc cháy khiến bà bị thương và chết. Inazagi nổi giận và dùng kiếm chém vào đầu của Kagutsuchi và chặt thành 8 khúc. Các phần của Kagutsuchi trở thành những núi lửa bao bọc nước Nhật. Khi Izanagi xuống Suối Vàng (黄泉 Yomi, Hoàng Tuyền) để đón Izanami về, bà đã biến thành thần chết. Izanagi bị vợ đuổi và trở về một mình.

• Amaterasu-Ōmikami (天照大神 Thiên Chiếu Đại Thần theo Nhật Bản thư kỷ, 天照大御神 Thiên Chiếu Đại Ngự Thần theo Cổ sự ký; ngoài ra còn được viết là 天照皇大神 Thiên Chiếu Hoàng Đại Thần, 日神 Nhật Thần hay Thần Mặt Trời) là vị nữ thần được sinh ra từ mắt trái của Izanagi khi ông rửa mặt sau khi trở về từ Suối Vàng. Amaterasu mang lại ánh sáng và hơi ấm cho vạn vật, nhưng một hôm em trai của Amaterasu là Susanoo cãi nhau với bà và ném vật được dâng tế cho Amaterasu, một con lừa chết, vào phòng thêu làm chết một cô hầu gái. Amaterasu tức giận và tự nhốt mình trong hang đá, khiến thế giới chìm vào bóng tối. Ame-no-Uzume và các vị thần khác đã tìm cách lừa Amaterasu ra bằng một lễ hội ầm ĩ và một chiếc gương đồng. Amaterasu được xem là tổ tiên của người Nhật, và bà đã tặng chiếc gương đồng "Bát Chỉ" (八咫鏡 Yata No Kagami, Bát Chỉ kính), "Bát Xích Quỳnh Khúc ngọc" (八尺瓊曲玉 Yasakani no Magatama) và thanh gươm "Thảo Thế" (草薙の剣 Kusanagi-no-Tsurugi, Thảo Thế kiếm) cho cháu mình là Ninigi-no-Mikoto khi cho ông xuống mặt đất. Ngày nay thanh gươm được giữ tại thần cung Atsuta (熱田).

• Tsukuyomi (月読 Nguyệt Độc) là thần Mặt Trăng, em trai của Amaterasu. Tsukiyomi được sinh ra từ mắt phải của Izanagi khi ông rửa mặt sau khi trở về từ Suối Vàng. Một hôm Amaterasu sai Tsukiyomi đi thay mình đến dự tiệc của Ukemochi-no-kami (保食神 Bảo thực thần). Ukemochi lần lượt nhìn vào biển, rừng và đồng lúa rồi nôn ra cá, thịt và một chén cơm mời Tsukiyomi ăn. Kết quả là bà bị Tsukiyomi cảm thấy kinh hãi và giết chết. Từ đó, Amaterasu không thèm nhìn mặt em trai nữa, và khi nào có Mặt Trăng thì Mặt Trời đi chỗ khác.

• Susanoo-no-Mikoto (スサノオ đọc là Susa-no-O, Nhật Bản thư kỷ ghi là 素盞嗚尊 Tố Trản Ô Tôn, 素戔嗚尊 Tố Tiên Ô Tôn; Cổ sự ký ghi là 建速須佐之男命 Kiến Tốc Tu Tá Chi Nam Mệnh, 須佐乃袁尊 Tu Tá Nãi Viên Tôn) là thần biển và gió bão. Susanoo là em trai của Amaterasu và Tsukuyomi, được sinh ra từ mũi của Izanagi khi ông rửa mặt sau khi trở về từ Suối Vàng. Susanoo làm Amaterasu tức giận và bị đuổi đi. Khi đến huyện Izumo, Susanoo gặp hai thần đất. Họ đã bị một con rắn 8 đầu Yamata-no-Orochi (八岐の大蛇 Bát Kỳ Đại Xà) bắt mất 7 người con gái. Susanoo hỏi cưới cô thứ 8 nhỏ nhất chưa bị bắt là Kushi-inada-hime (奇稲田姫 Kì Đạo Điền Cơ) rồi biến cô thành một chiếc lược giấu trên đầu. Susanoo dùng 8 bình rượu để làm con rắn bị say rồi chặt khúc. Từ đuôi của đại xà, Susanoo tìm được thanh gươm Thảo Thế và gửi tặng Amaterasu để làm hòa.

• Ame-no-Uzume-no-mikoto (アメノウズメ, Cổ sự ký ghi là 天宇受賣命 Thiên Vũ Thụ Mại Mệnh, Nhật Bản thư kỷ ghi là 天鈿女命 Thiên Điền Nữ Mệnh) là nữ thần của lễ hội và hạnh phúc. Khi Amaterasu nhốt mình trong hang, Ame-no-Uzume treo một chiếc gương bằng đồng lên cây, khoác hoa lá lên mình rồi nhảy múa trước cửa hang. Các vị thần kéo tới xem, Ame-no-Uzume vất bỏ chiếc áo bằng hoa và đám đông nam thần hét lên thích thú. Amaterasu tò mò lẻn ra khỏi hang xem, ánh sáng của bà phản chiếu trong gương tạo ra bình minh xóa tan bóng tối. Các vị thần lấp cửa hang, mọi người vui vẻ trở lại và cùng nhau lập lễ hội.
• Sarutahiko-Ōkami (猿田毘古大神 Viên Điền Tì Cổ Đại Thần) là thần đất và sức mạnh. Ông là chồng của Ame-no-Uzume-no-mikoto. Khi Ninigi-no-Mikoto được phái xuống đất, ông ta bị Sarutahiko chặn đường. Khi Ame-no-Uzume đến hỏi, Sarutahiko chào đón Ninigi-no-Mikoto và cả ba cùng đi chung với nhau. Sarutahiko thường được mô tả là một người rất to lớn và cầm giáo dài, đặc biệt có mũi rất to và dài.

• Inari (稲荷 Đạo Hà) là thần gạo, đôi lúc xuất hiện dưới dạng một ông già, hoặc một thiếu nữ, thường được đi kèm bởi một con hồ ly màu trắng. Đền của Inari thường có rất nhiều cổng nối tiếp nhau và có tượng cáo trắng đeo khăn đỏ ở hai bên. Cả Inari và Kitsune đều rất thích ăn đậu khuôn chiên Aburaage (油揚げ) nên món này thường được dâng cho Inari cùng với rượu sake và bánh gạo.
• Enma-Daiō (閻魔大王 Diêm Ma đại vương) là vua của địa ngục. Tuy nhiên Enma có xuất xứ từ Phật giáo chứ không phải Thần đạo.
• Ninigi-no-Mikoto (瓊瓊杵尊 Quỳnh Quỳnh Chử Tôn) là cháu của Amaterasu. Nữ thần Mặt Trời phái ông xuống mặt đất để thành lập nước Nhật. Ninigi-no-Mikoto đem theo 3 bảo vật của Thiên Chiếu là thanh gươm, gương và viên ngọc. Khi Ninigi-no-Mikoto gặp Konohana-sakuya-hime (木花之開耶姫 Mộc Hoa Chi Khai Da Cơ) liền đem lòng yêu cô và đến gặp cha của Konohana để hỏi cưới. Công chúa hoa anh đào Konohana và Ninigi-no-Mikoto là tổ tiên của người Nhật.